不動産売却時の登録免許税とは？計算方法や負担の仕組みも解説

登録免許税とは何か（不動産売却における登録免許税の基本）

登録免許税とは、不動産の登記手続きを行う際に国に納める税金で、土地や建物の所有権や抵当権の登記にかかります。この制度は、不動産の権利関係を明確にし、安全な取引を実現するために設けられています。誰が所有者であるか、どのような抵当権があるかを公的に示す重要な役割を担います。登記情報は法務局で管理・閲覧でき、トラブル防止にも有効です。

不動産売却において典型的に必要となる登記には、「所有権移転登記」と「抵当権抹消登記」があります。所有権移転登記は売却後に所有権を買主へ移す手続きであり、抵当権抹消登記はローン完済後に残された担保（抵当権）を解除するための手続きです。これらの登記に登録免許税が課せられます。

誰が登録免許税を負担するかは、登記の種類によって異なります。一般的には、抵当権抹消登記に関しては売主が、不動産1件あたり登録免許税1,000円を負担し、所有権移転登記については買主が負担する商習慣が広く定着しています。ただし、契約内容によっては変更されることもあるため、契約書を確認することが望ましいです。

不動産売却で発生する登録免許税の具体的な金額と計算方法

不動産売却に際して必要となる登録免許税について、具体的な金額や計算方法をわかりやすくご説明します。

まず、抵当権抹消登記に関しては、不動産1件あたり固定で1,000円がかかります（法務局で定められる定額負担）ので、実際の登記ではこの金額をご確認ください。

次に、所有権移転登記にかかる登録免許税については、不動産の「固定資産税評価額」に税率をかけて計算します。売買による場合、土地・建物ともに通常2.0％ですが、軽減措置が適用されると土地は1.5％、建物は住宅用で0.3％となります（要件を満たす場合）。

以下に、簡単な計算例を表形式でまとめました（いずれも軽減税率適用の場合、固定資産税評価額はいずれも仮定の数値です）。

上記のとおり、土地・建物・抵当権設定を合わせると合計で約46万円となります（軽減措置がある場合）。こうした軽減措置を活用することで、負担額を大幅に抑えることが可能です。

なお、軽減措置には適用期限や適用要件が定められており、土地の売買に関する所有権移転登記の軽減は2026年3月31日まで、建物や抵当権設定など住宅用に関わる軽減措置は2027年3月31日までとなっています。売却や購入をお考えの際は、期限や要件の確認も重要です。

登録免許税の支払い時期と手続きの流れ

不動産売却にかかわる登記手続きでは、所有権移転や抵当権抹消登録の際に登録免許税を支払う必要があります。ここでは支払いのタイミングや方法、そして自分で行う場合の注意点と司法書士に依頼する場合の違いをご説明します。

まず、登録免許税は「登記申請時」に納付する必要があります。たとえば書面で法務局に提出する際には、収入印紙を申請書に貼り付けるか、あるいは現金で納付する方法が一般的です。オンライン申請の場合は、ペイジーを利用した電子現金納付ができます。ペイジー納付には、インターネット出願ソフトで納付番号を取得し、金融機関のインターネットバンキングやATMで支払う形式です。

オンライン申請の場合、税金を払い込んでから速やかに登記申請を行う必要があります。納付番号の有効期間は取得からおよそ30日程度なので、タイミングに注意が必要です。

次に、一般的には司法書士に手続きを依頼することが多く、頼むことで書類作成・税額計算・申請提出までまとめて任せられます。費用は別途発生しますが、ミスや手戻りのリスクを減らせます。しかし、ご自身ですべて行う場合は、法務局窓口・郵送・オンラインといずれの方式でも、記入ミスや添付書類の漏れ、申請先法務局の誤りなどに特に注意しなければなりません。

ご自身で登記をご希望の場合は、登記申請書の記入内容に誤りがないか、提出先の法務局が正しいか、必要な添付書類をすべて揃えているかを事前にしっかり確認することが大切です。また、オンライン申請に慣れていない場合は、法務局の相談窓口で書類の確認をしてもらうなどの対応も検討してください。

登録免許税の軽減措置や買主負担の慣習について

不動産売却にあたって、登録免許税には一定の軽減措置が設けられており、いつまで適用されるか、どの負担が必要かを理解することが重要です。

まず、土地の売買による所有権移転登記については、固定資産税評価額に対する税率が、本来の２.０％から１.５％へ引き下げられる軽減措置が令和８年（２０２６年）３月３１日まで適用されています。

次に、住宅用建物については、新築または取得後一定期間内の登記で軽減措置があり、所有権保存登記や移転登記が対象となります。例えば、一般の住宅では本則税率０.４％が０.１５％に、新築・中古にかかわらず土地も含めた対象です。さらに認定長期優良住宅や認定低炭素住宅などでは、保存登記０.１％、移転登記は戸建て０.２％、マンション０.１％などさらに優遇されています。

こうした住宅用の軽減措置については、令和９年（２０２７年）３月３１日まで延長されており、長期優良住宅などの特例も同様の期限で適用されています。

売却時の登録免許税において、売主が負担する必要があるのは、主に抵当権抹消登記にかかる登録免許税です。この費用は、不動産一件あたり千円で固定されています。

以下の表は、各登記での税率と適用期限を整理したものです：

以上のように、登録免許税の軽減制度はかなり幅広く、しかも期限付きで適用されます。売却を検討されている方には、登記費用を把握し、適用要件や期限を確認のうえ、登記申請を進めることをおすすめします。特に、軽減措置を活用できる場合は、登記申請の際に証明書類の準備や申請漏れがないよう注意することが大切です。

まとめ

不動産の売却において「登録免許税」は登記手続きに不可欠な費用です。所有権移転や抵当権抹消など、売却時にはさまざまな登記が必要になり、それぞれに登録免許税が発生します。税額は登記の種類や不動産の評価額で異なり、軽減措置が適用されることもあります。また、実際の手続きは司法書士に依頼することが多いですが、ご自身で申請する場合も基本と流れを理解しておくことが大切です。登記費用を含めた全体の費用をしっかり把握し、安心して不動産の売却を進めましょう。